Povestea lui Kanon, situată în mijlocul iernii, privește un grup de cinci fete care sunt conectate înapoi la același băiat. Yuichi Aizawa, protagonistul principal, a vizitat orașul în care se întâmplă povestea cu șapte ani înainte de începerea poveștii.
La început, Yuichi este foarte detașat de oraș și de locuitorii săi. Înainte de întoarcere, se decide că va rămâne cu vărul său, Nayuki Minase, și cu mama ei, Akiko. După îndelungata sa absență, Yuichi a uitat aproape totul, cu excepția detaliilor minore despre cele întâmplate cu șapte ani înainte și are nevoie să i se amintească de ceea ce a lăsat în urmă.
În a doua zi după întoarcerea lui Yuichi, el este afară cu Nayuki, care îl arată prin oraș. Nayuki își amintește că trebuie să cumpere lucruri pentru cină și Yuichi este reticentă să meargă cu ea, argumentând că s-ar putea pierde. La câteva momente după ce Nayuki l-a lăsat să aștepte pe trotuar, o fată ciudată pe nume Ayu Tsukimiya o bagă cu avertisment. La recuperare, ea îl târăște într-o cafenea din apropiere și mărturisește că a furat din neatenție o pungă plină cu taiyaki după ce a fost speriată accidental de către vânzător înainte de a avea șansa să plătească. Yuichi îl trage apoi pe Ayu înapoi la vânzător, amândoi își cer scuze pentru probleme, iar Ayu este iertat. Ei decid să se întâlnească din nou în altă zi și Ayu se abate.
Yuichi nu este conștient la început, dar alte trei fete pe care le uitase îi sunt familiare. De-a lungul poveștii, pe măsură ce învață despre subtonurile supranaturale ale orașului, Yuichi își amintește de fiecare fată și de evenimentele din urmă cu șapte ani în orașul acoperit de zăpadă.
