Bazat pe un joc popular de otome, Hakuouki îl urmărește pe Chizuru și Shinsengumi într-o realitate alternativă. Chizuru călătorește la Kyoto în căutarea tatălui ei dispărut, dar după ce a fost implicat într-un incident, a sfârșit să fie luat de Shinsengumi unde întâlnește membrii, inclusiv faimosii Hijikata Toshizo și Okita Soshi. Tatăl lui Chizuru conducea cercetări guvernamentale pentru întărirea Shinsengumi și a dezvoltat ochimizu. Ochimizu este o formulă care dă demonului ca forță și efecte de regenerare, dar odată luate, utilizatorul experimentează dureri extreme și în cele din urmă se transformă într-un monstru flămând de sânge.
În încercarea de a-l apăra pe Chizuru, Hijikata ia ochimizu și, deși situația a fost salvată, el este acum afectat de boală. Okita este de asemenea obligat să ia formula când tuberculoza lui îl împiedică să-l apere pe Chizuru și pe el însuși. Simțindu-se responsabil pentru acțiunile lor, Chizuru trebuie să lupte cu sentimentul ei de neputință și să găsească curajul de a-l susține pe Shinsengumi.
