În 2065, Pământul se află în centrul unui război cu extratereștri cu dimensiuni suplimentare numite Nova. Forțele armate dezvoltă și antrenează Pandoras, fiice care pot folosi un țesut genetic special numit Stigmata (Seikon) Pentru a arăta sisteme și abilități de luptă supraomenești. Sprijinind Pandora sunt parteneri de sex masculin numiți Limiters, care folosesc puteri speciale de „îngheț” pentru a restrânge libertatea concurenței lor.
Oricare dintre aceste limitări este Kazuya Aoi, a cărei soră răposată a fost Pandora. Kazuya întâlnește o Pandora puternică, Satellizer el Bridget, poreclită Regina neatinsă, pe stilul ei calos și pe afefobia ei extremă, în timp ce participa la West Genetics Academy din Japonia. În ciuda avertismentelor de la colegii săi de a se îndepărta de Satellizer, ea este împrietenită de Kazuya și solicită să fie Limitatorul ei. Satellizer este de acord să se asocieze cu el, chiar dacă ea se încadrează în curând într-o competiție îndrăgostită pe nume Rana Linchen, care crede că Kazuya este sufletul ei pereche după ce a sprijinit-o prin mai multe lupte împotriva adversarilor colegiului de a schimba poziția și cursurile. Când Neva își atacă colegiul folosindu-l pe Pandoras sub controlul lor pentru a avea acces la laboratorul subteran al instituției, concurența lor este eliminată.
Satellizer și Kazuya se alătură câtorva dintre elevii West Genetics într-un laborator din Alaska, unde ar putea să asiste împreună cu sarcina Evolution Pandora (E Pandora), permițând femeilor normale să primească transplanturi de Stigmata pentru a deveni Pandora. Când unul dintre E Pandora devine deranjant, ceilalți se întreabă dacă medicamentele din experimentare nu sunt periculoase, ci sunt făcute pentru a respecta dorințele organizației de afaceri, precum și ale managerului. După ce a constatat că până când vor fi consumabile, vor fi utilizate, E-Pandora Amelia Evans direcționează o revoltă care se intensifică într-o plină pe Nova Clash.
Kazuya află mai multe despre legăturile familiei sale cu Nova, precum și cu Pandora. Bunicul lui Kazuya, Gengo Aoi, a găsit aceeași slujbă, care îi face pe Rana și Satellizer într-o echipă unică cu femei numite Valchirie. Cu toate acestea, de-a lungul activității de demonstrație cu Nova proiectată personalizat, care este manechin, iluziile sunt experimentate de Pandora, precum și manechinul Novas devine o legiune de 100 de Nova care decimează Genetica. Gengo combate acest lucru dezlănțuind Pandora legendare care sunt mătușile lui Kazuya. Efortul Chevalier de a asasina Gengo angajând mai mulți condamnați numit Busters, când câțiva dintre Pandora legendare se transformă în letale Novas, dar misiunea se destramă.
