Ultima comandă începe când nanotehnologia lui Desty Nova îl reînvie pe Alita în orașul plutitor Tiphares. Secretele negre ale orașului sunt expuse cu violență, dar pare a fi o mică porțiune a lumii care este complicată. Mergând în spațiu cu companii vechi și noi pentru a afla mai multe despre trecutul ei uitat și în mod egal, pentru a-și căuta amicul pierdut Lou Collins, Alita este prinsă într-o bătălie interplanetară între principalele puteri ale sistemului solar care a fost colonizat. Pe drum, ea formează o alianță cu trei dintre replicile Alita care au început acum să creadă singure, un superhacker neplăcut, și Nova însuși când intră în turneul Zenith of Things (ZOTT), un concurs de luptă desfășurat la fiecare 10 ani. Inclusiv modul în care Pământul a apărut dintr-o iarnă de impact cataclismic care a distrus majoritatea publicului pe toată durata narațiunii, este prezentată mai multă istorie cu privire la setarea Battle Angel Alita care nu fusese dezvăluită în șirul anterior.
